H Aγαθονίκη Τσιλιπάκου γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη. Αποφοίτησε από το Γυμνάσιο – Λύκειο της Γερμανικής Σχολής Θεσσαλονίκης (1984). Πτυχιούχος του Τμήματος Ιστορίας Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων (1988) με υποτροφία του Ι.Κ.Υ. και στη συνέχεια της Γερμανικής Φιλολογίας του Α.Π.Θ. (1992). Το 1993 απέκτησε τίτλο μεταπτυχιακών σπουδών του Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας – Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής Α.Π.Θ. ως υπότροφος του Ι.Κ.Υ. Το 2002 αναγορεύτηκε διδάκτωρ του ίδιου Τμήματος. Η διδακτορική της διατριβή: «Η μνημειακή ζωγραφική στη Βέροια τον 17ο αι.» εκδόθηκε το 2012 από το Αρχαιολογικό Ινστιτούτο Μακεδονικών και Θρακικών Σπουδών. Μετά από επιτυχία της σε πανελλήνιο διαγωνισμό (1989) εισήχθη στην Αρχαιολογική Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού. Από το 1991 έως το 2010 υπηρέτησε στην τότε 11η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων με έδρα τη Βέροια και αρμοδιότητα στους Νομούς Ημαθίας, Πέλλας, Κοζάνης, Γρεβενών, Φλώρινας και Καστοριάς. Από το 2008 διετέλεσε Τμηματάρχης στην προαναφερόμενη Υπηρεσία. Στη συνέχεια (2010) επελέγη ως προϊσταμένη επιπέδου Διεύθυνσης, μετά από κρίση, και ανέλαβε αρχικά τη διεύθυνση της τότε 18ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Άρτας – Πρέβεζας. Από τον Φεβρουάριο του 2012 μέχρι τον Απρίλιο του 2023 διετέλεσε Διευθύντρια του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού και στη συνέχεια ανέλαβε τη θέση της Γενικής Διευθύντριας.
Τα επιστημονικά της ενδιαφέροντα σχετίζονται με θέματα βυζαντινής και μεταβυζαντινής αρχαιολογίας και τέχνης, κυρίως των περιοχών Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας, σύγχρονης μουσειολογίας και διοίκησης πολιτισμικών μονάδων. Συνέγραψε τρεις μονογραφίες, εκπαιδευτικούς φακέλους για την πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια εκπαίδευση, πλήθος δημοσιεύσεων (πλέον των 70) σε επιστημονικά περιοδικά, ενώ συμμετείχε με πλήθος ανακοινώσεων σε ελληνικά και διεθνή επιστημονικά συνέδρια. Συμμετείχε ως συγγραφέας σε συλλογικές εκδόσεις, καθώς και με τη συγγραφή σχετικών λημμάτων εκθεμάτων σε επιστημονικούς καταλόγους περιοδικών εκθέσεων. Έχει επιμεληθεί ή συνεπιμεληθεί πλέον των δεκαπέντε περιοδικών εκθέσεων και επιστημονικούς καταλόγους περιοδικών εκθέσεων καθώς και πρακτικά επιστημονικών συνεδρίων. Έχει διοργανώσει ή συνδιοργανώσει σειρά επιστημονικών συνεδρίων και έχει συμμετάσχει σε σειρά ευρωπαϊκών και διακρατικών συγχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων.
Έλαβε τιμητικές διακρίσεις και βραβεύσεις από την Ιερά Μητρόπολη Βεροίας, Ναούσης και Καμπανίας, τον Δήμο Αμυνταίου, την Διεθνή Ειδική Επιτροπή για τα Οπτικοακουστικά Μέσα (AVICOM) του Διεθνούς Συμβουλίου Μουσείων (ICOM). Είναι μέλος της Ελληνικής Επιτροπής Βυζαντινών Σπουδών, της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρίας, της Εταιρείας Μελετών Ιστορίας και Πολιτισμού Ν. Ημαθίας (Ε.Μ.Ι.Π.Η.) και του Συλλόγου Ελλήνων Αρχαιολόγων.